查询中心组合贷款是可以提前还清商贷的那部分的，组合贷款里面的公积金贷款资金是公积金管理中心发放的，商贷的资金是银行发放的，只是公积金管理中心委托银行发放公积金贷款的那部分而已，这是两个相对独立的部分，所以可以选择提前还清公积金贷款部分，也可以提前还清商贷的那部分。
组合贷款指的是公积金贷款与商业贷款结合的一种贷款，通常是因为申请人能够申请到的公积金贷款额度不够，再用商业贷款的额度来填补，组合贷款只是贷款形式的约定，没有先后顺序的约定，如果提前还贷，完全可以自主选择的。
商业贷款的利率是高于公积金贷款的，商业贷款的利率在5%以上，公积金贷款的利率只有3%以上，所以建议借款人有还款能力的情况下，可以提前还清商业贷款，减少利息支出。但是需要注意的是，提前还款需前往银行办理提前还款手续。
不管是提前还商业贷款的部分还是提前还公积金贷款的部分，都是通过银行的，若是打算提前还公积金贷款的部分，可以向公积金管理中心申请，申请通过之后去银行提前还款就行，公积金贷款提前还清是没有违约金的。